(Suite à l'interrogation de Christophe Gennerat en mai 2007 sur la version 3.x : [forum.anemalab.org] , j'ai essayé de résumer le sujet. N'hésitez pas à donner vos avis.)
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L'utilisateur Apache doit avoir des droits rwx sur les sous-répertoires :

./groupes (pour le dépôt de documents dans la zone de documents, et pour les forums)
./upload_photos (pour que chaque apprenant puisse déposer sa photo s'il le souhaite)
./formation (pour pouvoir déposer un support de cours)


Si les supports de cours sont aussi déposés en dehors de Ganesha (par ftp), il faut un utilisateur dédié avec droits identiques sur le répertoire ./formation
(ou mieux, un groupe d'utilisateurs, s'il y a plusieurs utilisateurs).


Si le code PHP n'est pas modifié, il est possible d'enlever les droits d'écriture dessus jusqu'à la prochaine mise à jour de la plate-forme.


En résumé, il me semble possible d'effectuer les modifications suivantes après une nouvelle installation ou une mise à jour :

chmod -R a-w ./ganesha*
# pour empecher toute modification du code PHP

chmod -R u+w ./ganesha*/groupes
chmod -R u+w ./ganesha*/upload_photos
chmod -R u+w ./ganesha*/formation
# pour autoriser l'utilisateur (user) Apache à modifier les fichiers "vivants" de Ganesha

chmod -R g+w ./ganesha*/formation
# pour autoriser d'autres utilisateurs du même groupe (group) que l'utilisateur Apache à modifier les fichiers "vivants" des supports de formation Ganesha


(il me semble qu'il est aussi possible de faire :
chmod -R a-x ./ganesha*
# pour empecher tout parcours de Ganesha par d'autres utilisateurs
chmod -R u+x ./ganesha*
# sauf pour l'utilisateur Apache
chmod -R g+x ./ganesha*/formation
# et les autres utilisateurs du groupe Apache pour parcourir les sous-dossiers de formation
)


Anema conseille aussi d'utiliser suExec pour améliorer la sécurité du serveur Apache : [httpd.apache.org]

A noter que lors de l'installation, l'étape 5 propose par défaut la valeur 777.
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Fichier step5.php
Lignes 367 et 372 :
<td><input type="text" name="chmod_dir" value="<?php echo $chmod['owner']=="OK"?"755":"777"; ?>" size="25" maxlength="80" class="form" ></td>
<td><input type="text" name="chmod_file" value="<?php echo $chmod['owner']=="OK"?"755":"777"; ?>" size="25" maxlength="80" class="form" ></td>

Valeurs ensuite sauvegardées dans le fichier ./conf/chmod.conf.php

L'administrateur dispose - dans les options - d'un onglet "CHMOD" pour les modifier par la suite.

PS A noter aussi du côté de PHP pour la fonction mkdir : "The mode is 0777 by default" (d'après [fr3.php.net] )